felhasznált programok:
CCP4 6.3.0 (CCP4i 2.2.0), és vele együtt települő Coot vagy winCoot program (WinCoot 0.7)
letölthető:
http://www.ccp4.ac.uk/
a könyvtárszerkezetben szóköz, ékezetes betűk ne legyenek

A futtatott programok egymásraépülése és sorrendje reprodukálható:
a kicsomagolt könyvtár pontos elérési címét be kell írni a CCP4 programban definiált új projekt
(lizozim) elérési címeként (ld. projekt.jpg).


A molekuláris helyettesítés modelljei a PDB adatbankból szęrmaznak
http://www.pdb.org
A szekvencia illesztést az expasy szerver alkalmazásaival végeztük.
http://www.expasy.org

A fájlok elnevezése:
rxy.pdb, mtz, ...   az x. finomítási cikluson belül az y. próbálkozás eredménye.

rxy-coot-z.pdb   a finomításkor kapott fájlból a Coot programmal végzett modellépítés eredménye, az
x+1. finomítási ciklus bemeneti fájlja


A finomítás/modellépítés az r4-2. lépés után is tovább folytatható, amíg az R-faktorok csökkenthetők:
pl. új vízmolekulák keresése, vízmolekulák alternatív konformációinak azonosítása, ligandum atomtípus javítása...

Validálás:
coot, ccp4 programok és MolProbity szerver segítségével, és a PDB honlapján végezhető 
http://molprobity.biochem.duke.edu/
http://validate.rcsb.org/