Harmat Veronika ELTE Kémiai Intézet Szerkezeti Kémia és Biológia Laboratórium MTA-ELTE Fehérjemodellező Kutatócsoport
Kutatási_témák | Elérhetőség | Fehérjekrisztallográfiai_Laboratórium
„Röntgendiffrakciós szerkezetvizsgálat” elektronikus jegyzet (készült aTÁMOP-4.1.2.A/1-11/1-2011-0025 pályázat keretében, elérhető a www.tankonyvtar.hu oldalon, és INNEN is letölthető). Példafájlok a szerkezetmegoldáshoz ITT.
Röntgen-krisztallográfia előadások
Röntgendiffrakció (Vegyész MSc (Szerkezetkutatás szakirány: köt., Anyagkutatás szakirány: köt.vál.):rtgdiffk17em) Kismolekulák és fehérjék röntgenkrisztallográfiás szerkezetvizsgálatában használatos kísérleti és számítási módszerek (diffrakciós jelenség / szerkezeti tényező / kristályszimmetria / a diffrakciós kép szimmetriája / adatgyűjtés / fázisprobléma megoldási módszerek / szerkezetfinomítás / krisztallográfiai adatbankok / kitekintés: más diffrakciós módszerek). Az előadás diái X-Ray Diffraction (Course for students in Chemistry or Biology: rtgdiffk17em-en) 1. Basic concepts of X-ray crystallography of small molecules and macromolecules: theory and basis of calculations. 2.methods of structure determination of biological macromolecules - a practical approach. Slides of the lectures
A fehérjekrisztallográfia módszerei előadás és gyakorlat (Biotechnológia MSc (ELTE-BME közös képzés): fehkrik18em, fehkrik18lm) 1. A röntgendiffrakciós szerkezetvizsgálatnak nagy szerepe van abban, hogy ma másként látjuk a biológiai makromolekulák működési mechanizmusát, mint néhány évtizeddel ezelőtt. A kurzusok gyakorlati szemléletű áttekintést ad a fehérjekrisztallográfiai szerkezetvizsgálat széles körben alkalmazott módszereiről. 2. Kristályosítás: automatizáció, optimalizálás tervezése, értékelése 2. Adatgyűjtés Rigaku XtaLAB Synergy-R diffraktométerrel, adatredukció 3. Fázisprobléma megoldása különböző módszerekkel 4. Modellépítés, finomítás, a felbontás hatása a szerkezet információtartalmára 5. szerkezetvalidáláls, szerkezeti információk felhasználása molekulamodellezésben Segédanyagok
A fehérjekrisztallográfia módszerei (Ph.D. kurzus: KÉM/104E, BIO/8/20E) A módszer lehetőségi és korlátai, elméleti alapok áttekintése / Kristályosítási és adatgyűjtési módszerek / A fázisprobléma megoldása / Az elektronsűrűségi térképtől a molekula térszerkezetéig: modellépítés és szerkezetfinomítás / Hibaforrások a szerkezetmegoldás során, a szerkezet validálása / Új irányzatok és kihívások a fehérjekrisztallográfiában. Az előadás diái
Az előadásokhoz kapcsolódó laborgyakorlat:
X-ray Crystallography Practical (xrayk17lm, Előfeltétel: Röntgendiffrakció vagy fehérjekrisztallográfia elméleti kurzus) 1. Kristályosítás és értékelése / Adatgyűjtés Rigaku XtaLAB Synergy-R diffraktométerrel, adatredukció / Kismolekulás szerkezet megoldása (Olex2 és Shelx) / Fehérjeszerkezet megoldása (CCP4, Coot, PyMol ) / Krisztallográfiai adatbázisok 2. Crystallization (Mosquito robot) / Data collection (Rigaku XtaLAB Synergy-R diffractometer), data reduction / Solving small molecule structures (Olex2, Shelx) / Solving protein structures (CCP4, Coot, PyMol) / Crystallographic data banks Segédanyagok / Manuals
Röntgendiffrakció más kurzusokon belül:
Modern szerkezetvizsgáló módszerek előadás és gyakorlat (Vegyész MSc: modszerkk17em, modszerkk17lm) 1. Az egykristálydiffrakciós szerkezetvizsgálat alapfogalmai és lépéseinek rövid összefoglalása / különbségek a kismolekulás és makromolekulás krisztallográfia módszerei között / alkalmazási lehetőségek és kihívások. 2. Rövid bevezető az egykristály-diffrakciós szerkezet-meghatározásba: röntgendiffrakciós mérés és automatikus szerkezetmegoldás / molekulák térszerkezete - ab initio szerkezetmegoldás / krisztallográfiai szimmetriák szemléltetése / szerkezeti adatbázis (CSD). Segédanyagok
NMR- és MS-spektroszkópia, röntgendiffrakció (Vegyész MSc: nmrggyakk17lm) Az „X-ray Crystallography Practical” kurzussal egyenértékű. A gyakorlatok megértéséhez szükséges valamennyi krisztallográfiai előképzettség. Segédanyagok
Bioanalitika; Bioanalitika és biospektroszkópia gyakorlat (Biotechnológia MSc (ELTE-BME közös képzés: bioanak18em; bioanak18lm) Bevezetés a fehérjekrisztallográfiába. Fehérjekristályok elővizsgálata, röntgendiffrakciós mérés tervezése. Elektronsűrűségi térképek. Fehérjeszerkezetek validálása. Fehérje szerkezeti adatbázis. Segédanyagok
Biospektroszkópia, tömegspektrometria (Biotechnológia MSc (ELTE-BME közös képzés): biospek18em) Fehérjeszerkezet vizsgálat röntgenkrisztallográfiával. Kihívások és modern megoldások. Összehasonlítás rokon módszerekkel: kisszögű röntgenszórás, elektrondiffrakció, elektronmikroszkópia - a fehérjeszerkezet különböző szintjei. Az előadás diái
Anyagszerkezet vizsgálati módszerek II., Anyagszerkezet-vizsgálati módszerek B (Vegyész és Anyagtudomány MSc: szuprak17em, anyszerkv2k17em) Rövid bevezető a röntgegkrisztallográfiába. Egykristály-diffrakciós és pordiffrakciós vizsgálatok: kísérleti módszerek és kiértékelés, alkalmazások. Anyagszerkezet vizsgálati laboratórium (Anyagtudomány MSc anyszerkvk17lm) Egykristálydiffrakciós rutinmérés. Kristályszerkezetek és szerkezeti információk használata az anyagtudományban – példák, CSD adatbázis használata. Szerkezetmeghatározás / szerkezetelemzés. Segédanyagok / Slides of the lectures; Manuals
ÁLTALÁNOS ÉS SZERVETLEN KÉMIAI GYAKORLATOK
Szervetlen kémiai laborgyakorlat: tantermi gyakorlatok (Kémia BSc: szvetlenl1k17la) A tantermi gyakorlaton bemutatott feladatok szövege Segédanyagok
Általános Kémia GY laborgyakorlat (Biológia BSc: altkemk17la) A tantárgy célkitűzése: a laboratóriumi alapműveletek elsajátítása és alapvető kémiai számítások. Érintett témakörök: oldatkészítés; oldatok sűrűségének mérése; a térfogatos elemzés alapjai, pufferek, pufferkapacitás, kémiai reakciótípusok; ozmózis; reakciósebességet befolyásoló tényezők vizsgálata; a kísérletekhez kapcsolódó számítások. Részletes tematika, laborbeosztás és követelmények